Vandens kokybė turi didelę įtaką akvakultūrai. Todėl akvakultūrai ypač svarbu išmanyti aptikimo rodiklius, reguliariai atlikti vandens kokybės patikrinimus ir laiku reaguoti į vandens kokybės rodiklių koregavimą.
Pagrindiniai akvakultūros vandenų tyrimo elementai yra pH, amoniakinis azotas, ištirpęs deguonis, nitritai, sulfidai ir druskingumas. Tarp jų esminės sąlygos yra ištirpęs deguonis ir tinkamas pH, o amoniakinis azotas, nitritinis azotas ir sulfidas yra pagrindinės toksinės medžiagos, kurias gamina žuvų ir krevečių metabolizmas. Tikslus ir savalaikis šių medžiagų koncentracijos matavimas, o vėliau atitinkamų priemonių ėmimasis gali labai pagerinti žuvų ir krevečių išgyvenamumą bei sumažinti veisimo išlaidas.